日本は南北に長く気候が多様であること、またもともと樹種が豊富なことから（図録4337参照）、全国に多種多様な巨樹が生育している希有な国である。

　ここでは、東京の奥多摩町森林館が環境省の委託を受けて公開している「巨樹・巨大林巨樹データベース」から日本の巨樹ランキングを掲げた。

　巨樹の学問的定義はないが、環境省（当時環境庁）が1988年緑の国勢調査の一環として行った巨樹・巨大林調査では、地上高1.3mで幹回り3m以上のもの（複数の株からなる株立ち樹木については主幹の幹回りが2m以上で合計が3m以上）を巨樹とした。これ以降、この基準が踏襲されている。



「環境省の2000年調査で確認された巨樹は6万4479本、未確認分を推測すると、国内には13万〜15万本超の巨樹があるとみています」（東京新聞大図解「日本の巨樹」2011.8.21）。樹種的には、スギ、ケヤキ、クスノキ、イチョウの順に多くなっている。

「日本国内では、スギ、クスノキ、カツラ、ケヤキ、イチョウなどが長寿で巨樹となる性質を持っており、特に関東より南に生育するクスノキの巨大さは他を圧倒している」（同上資料）。北海道ではハルニレやイチイが生育、東北から関東にかけてはケヤキの巨樹が優勢となり、西日本はクスノキのほかムクノキ、カシの巨樹が目立ち、沖縄ではガジュマルなど南方の樹木が生育するなど、それぞれに土地に適した巨樹が存在している。