キューバの先住民（インディオ）がスペイン人による酷使やスペイン人や黒人奴隷がもたらした疫病によって絶滅したことはよく知られている。この結果、現在のキューバの民族構成は、南米大陸の諸国ではインディオあるいはインディオとの混血がかなりを占めるのと異なり、白人と黒人とその混血（ムラート）によって構成されている（図録8820参照）。

　ここでは、先住民が絶滅に至る人口推移をかかげた。ディエゴ・ベラスケスが征服と植民を開始する直前の1510年にはキューバ全土に約11万人の先住民が暮らしていたと言われる。それが、5年後の1515年には、4万7千人と半減以上、14年後の1524年には1万1千人と10分の1に減少してしまっている。

　絶滅理由としては、スペイン人による酷使とスペイン人がもたらした感染症がよく挙げられるが、その他に、餓死や自殺が多かったことが指摘されている。餓死は、強制徴発によって農地を耕せなくなり、しかもスペイン人から食料を奪われ、結果、食糧不足となって生じたものとされる。自殺も一貫して多かったようである。

　キューバ先住民の中では、征服と植民がはじまった東部地域に住んでいたスブ・タイーノ族とタイーノ族が16世紀半ばにはほぼ絶滅状態となり、全土に分布していたカーヨ・レロンド系シボネイ族は少数ながら17世紀まで生き延びたという。

　この結果、現在まで残る先住民の文化的影響は大きくない。しかし、キャッサバ食やハンモックはインディオ起源であり、キューバという名前も「中心地」を意味するタイーノ族の”Cubanacan”という言葉に由来する（Robin Moore 2010）。音楽でも、アンデス地方のフォルクローレとは異なり、カリブ海では、先住民インディオの音楽的影響は薄い。独特の音楽や踊りを伴うタイーノ族の宗教的儀式はアレイト（Areito）と呼ばれ、キューバの音楽レーベルの名前として馴染み深い。キューバ音楽などでよく使用されるマラカスという楽器は先住民由来だといわれるが確証はないようだ。